Cơ sở hạ tầng phục vụ công tác bảo tồn còn thấp kém, thiếu cán bộ, kế hoạch quản lý chưa phù hợp là những hạn chế trong công tác quản lý bảo vệ Khu Bảo tồn Thiên nhiên Tiền Hải. Đặc biệt, các tác giả đã khuyến nghị rằng cần tiến hành quy hoạch sử dụng đất trong khu bảo tồn nhằm làm giảm áp lực của người dân tới khu vực, đồng thời cần phải xác định rõ hơn ranh giới phía đông khu bảo tồn. Ngoài ra, các tác giả còn khuyến nghị rằng không nên tiến hành trồng rừng ngập mặn hoặc trồng Phi lao trong khu bảo tồn, bởi vì các mục tiêu quản lý, phòng hộ bờ biển và cải tạo đất có thể mâu thuẫn với công tác bảo tồn đất ngập nước ven biển.

Trong Khu bảo tồn thiên nhiên có rất nhiều người dân lượm, bắt các loài thân mền hai mảnh vỏ và của biển, điều này cho thấy đây là một khu vực quan trọng đối với kinh tế của người dân trong khu vực. Tuy nhiên, hiện vẫn chưa biết chính xác các mức độ khai thác hải sản có bền vững hay không.